Secara historis, dahulu Desa
Malang rapat berada di wilayah kecamatan Bintan Timur Kabupaten Kepulauan Riau,
tetapi setelah otonomi dan pemekaran wilayah desa malang rapat termasuk dalam
wilayah Kecamatan Gunung Kijang Kabupaten Bintan
Istilah kata Malang Rapat diambil dari kata malang dan
rapat. Kata malang merupakan nama pulau batu yang banyak
terdapat disepanjang pinggiran pantai, pulau batu ini ada yang ditumbuhi
pepohonan ada juga yang tidak, semuanya bisa di lihat apabila kita menyusuri
sepanjang jalan yang ada di wilayah tersebut. Pulau Batu ini ada juga yang bisa
kita kunjungi tanpa menggunakan sampan maupun pompong sehingga apabila air laut
surut banyak warga yang menjadikan pulau tersebut sebagai tempat rekreasi. Dikarenakan jarak antara satu pulau dengan pulau yang
lain sangat rapat sehingga lahirlah istilah
malang yang sangat rapat, dari kata inilah kemudian tercetus nama kampung
malang rapat yang selanjutnya menjadi Desa Malang Rapat
Disepanjang wilayah
pantai Desa Malang Rapat disebut Pantai Trikora Menurut sejarah Tiga Orang Komando Rakyat yang gugur dalam
memperjuangkan negara kesatuan RI
Melawan Penjajahan Jepang.Awal terbentuknya Desa Malang Rapat adalah
suatu Kampung yang dulunya yang dipimpin oleh seorang Bathin yang namanya
Zainal pada tahun 1947 s/d 1960, setelah itu pengantian Bathin Zainal ke Bathin
Bahudan ,dan setelah Bathin Bahudan nama Bathin berubah menjadi Penghulu tahun
1960 s/d 1982 di mana pada saat itu kepenghuluan di kepalai oleh bapak M. Samin, pada tahun 1980 s/d tahun 1986
penghulu berubah menjadi Kepala Kampung, dan pada akhir Tahun 1986 Kepala
Kampung Berubah Menjadi Kepala Desa sampai saat ini. Jabatan Kepala Desa
pertama yaitu Bapak Moh. Nazar. A yang menjabat semenjak tahun 1986 s/d 2000.